Nace el 18 de septiembre de 2006 establecida en Bogotá inicia su primer vuelo con un avión saab 2000 el cual cubría la ruta Bogotá-Rionegro. Para octubre de 2006 la aerolínea tenia una flota de 3 saab 200 y 5 saab 340. Aunque la flota seguía aumentando, se inició un proceso de expansión a corto plazo el cual incluía la sustitución de toda la flota de Saab y además incorporar a la flota aviones reactores.

En enero de 2007 Colombian Airlines pidió 6 equipos Airbus A318 equipados con motores Cfm, con derecho a ejercer la compra de otros 3 del mismo modelo, que hasta el momento no se ha materializado para junio de 2007 la flota de la aerolínea no poseía ningún Saab.

En marzo de 2007 la aerolínea dejo de operar los vuelos a santa marta, Cali y san Andrés por falta de demanda, además de vender 2 de sus aviones.

En noviembre de 2007 José David Panqueva se une a Colombian Airlines como vicepresidente lo que cambia el curso de la aerolínea el vicepresidente anuncio que la aerolínea tendría una nueva página con mas opciones para sus pilotos para el 2 de diciembre de 2007 la página se inauguro el vicepresidente también informo que habrían grandes cambios, comunico que retomarían los vuelos que la aerolínea abandono en junio además la aerolínea esta interesada en volar a Miami EE.UU.

A mediados de marzo de 2008 Alejandro Rodríguez ocupa el puesto de jefe de operaciones curiosamente Alejandro ocupo el puesto de gerente comercial en el año 2006, cuando la aerolínea suspendió operaciones, suspendió sus labores en CA debido a la propuesta de otra gerencia en otra aerolínea